截至2018年末，徽州区共有乡以上卫生机构11个，其中区综合医院2个、区疾病预防控制中心1个，区妇幼保健计划生育服务中心1个，乡镇卫生院7个；病床位525张；卫生技术517人员，其中执业（助理）医师174人、注册护士247人。年末全区共有村卫生室39个，从业人员42人，其中执业（助理）医师8人、乡村医生34人。

　　2018年，徽州区参合农民64670人，参合率100%；新农合基金支出4592.68万元，占当年筹资总额的103.5%；参合农民住院率和住院补偿比例分别为14.3%和65.0%，参合农民住院率比2017年上升1.2%。